Matukio ya Mario yanaendelea katika Super Mario Flash 2. dhamira yake ya awali ya kuokoa Princess Peach ilifanikiwa, lakini shujaa hakulazimika kupumzika kwa muda mrefu. Binti masikini alitekwa nyara tena na wakati huu ilifanywa na joka. Alimweka mateka kwenye mnara na kudai utii kamili kutoka kwa Ufalme wa Uyoga. Mario alikuwa bado alikuwa na muda wa kupumzika, lakini akaenda juu ya barabara tena. Wakati huu atalazimika kukabiliana na maadui zaidi, watashambulia kwa wingi. Kuwa mwepesi na mwepesi unaporuka juu ya vichwa vya adui zako na kuwaangamiza katika Super Mario Flash 2.
