Maisha katika Ufalme wa Uyoga yametatizwa tena na kutekwa nyara kwa Princess Peach. Bowser hawezi kutulia na hawezi kuja na kitu chochote kipya isipokuwa kumteka nyara binti mfalme. Mario katika Super Mario Flash ataenda kwenye safari ya kuokoa msichana, hii si mara ya kwanza kwake, na una sababu ya kuwa mshiriki tena katika adha ya kufurahisha. Kuongoza Mario katika majukwaa, kuruka juu ya uyoga mabaya na turtles. Pata uchawi mkubwa wa kuruka agariki ambao utageuza fundi kuwa Super Mario. Kwa kuongeza, unaweza kupata maua ya kichawi kwenye majukwaa, ambayo pia yataimarisha shujaa na kumpa nguvu katika Super Mario Flash.
