Shujaa wa saizi ndogo huchukua Micro Metroid kwenye safari kupitia ulimwengu wa jukwaa ndogo la mtindo wa Metrovania. Kumsaidia kupita maeneo ya hatari kwenye majukwaa, na wao tu kuwa wengi zaidi. Jihadharini na gia na uchague mahali ambapo unaweza kuruka kwenye jukwaa na kuendelea. Kutakuwa na bendera njiani - hizi ni vituo vya ukaguzi ambavyo vitakupa mahali ambapo shujaa atarudi ikiwa atapanda spikes au kuanguka kutoka kwa jukwaa katika Micro Metroid.
