Ninjas walionekana katika Japani ya enzi za kati na walitumika kama wapelelezi, skauti, na wahujumu upelelezi. Walivaa nguo za giza, walifunika nyuso zao na waliendesha zaidi usiku, wakitembea kimya na kukamilisha kazi walizopewa. Ninjas wote walijua sanaa ya ninjutsu. Kimsingi, ninja ni aina ya shujaa anayetumiwa katika operesheni maalum, kama vile vikosi maalum vya Kijapani. Shujaa wa mchezo wa Ninja Speed Runner pia amekabidhiwa misheni ya siri, kwa hivyo anasonga haraka. Shurikens wanaruka kuelekea kwake, ambayo lazima aepuke na utamsaidia kwa hili, na kulazimisha shujaa kuruka au bata katika Ninja Speed Runner.
