Mafia huko Japani wanaitwa Yakuza na ni shirika kubwa la uhalifu ambalo linafanya kazi nje ya sheria kulingana na sheria zake. Ikiwa anahitaji kitu, yeye huchukua, bila kujali maisha na mahitaji ya wale wanaosimama katika njia yao. Samurai vs Yakuza inakuletea samurai ambaye anataka kuokoa kijiji chake. Majambazi walimpenda kwa sababu ya hekalu la zamani ambalo liko kwenye eneo lake. Katika hekalu hili kuna sanamu kadhaa za thamani, ambazo mkuu wa Yakuza alitaka kumiliki. Shujaa wetu alisimama kwenye njia ya jeshi zima la mafia na, kwa msaada wako, atazuia shambulio la majambazi waliovalia mavazi meusi huko Samurai vs Yakuza.
