Sonic ana nafasi ya kukabiliana na adui yake wa zamani Knuckles. Hedgehog ya bluu ilipokea habari zisizotarajiwa kuhusu eneo la mpinzani wake na ina nia ya kwenda huko. Pamoja na rafiki yao na Mkia msaidizi, mashujaa watakwenda kisiwa kwa ndege. Baada ya kutua, watakutana na Knuckles, lakini atatoweka haraka. Lazima msaada Sonic na rafiki yake baada ya villain. Aliweka mitego mingi kwenye kisiwa hicho ili hakuna mtu anayeweza kumpata, lakini Sonic haiwezi kusimamishwa, na utadhibiti kwa uangalifu harakati za shujaa, ukimzuia kukimbia kwenye spikes kali. Kusanya pete, zitakuwa muhimu kwa shujaa katika Sonic 3 & Knuckles.
