Ninja alikuwa amerudi tu kutoka kwa safari na aliamua kutembelea monasteri yake ya asili, ambako alisoma na mwalimu wake mpendwa, ambaye alimpa kiasi kikubwa cha ujuzi na kumfundisha jinsi ya kudhibiti mwili na roho yake. Aliwakuta watawa wakiwa katika hali ya kukata tamaa na kufadhaika sana. Siku moja kabla, samurai nyekundu ilishambulia monasteri na kuiba mkusanyiko wa mawe ya kale na runes. Haya ni mawe matakatifu ambayo yamehifadhiwa katika monasteri kwa karne nyingi. Shujaa wetu aliapa kurudisha kila kitu kilichoibiwa na mara moja akaanza safari yake. Msaidie shujaa katika Ninja Run kutimiza misheni yake takatifu. ninja kukimbia, na utamsaidia kuruka juu ya vikwazo na juu ya maadui kwa wakati, kukusanya mawe.
