Protoksi kadhaa ziliundwa kwenye Matrix, na mmoja wao, nambari 09435, aliibuka kuwa aliyefanikiwa zaidi. Huyu ni mvulana wa dijiti ambaye alianza kukuza kwa njia ya kushangaza haraka na hivi karibuni alitaka kuchunguza ulimwengu wa nje. Alipata njia ya kuondoka kwenye matrix na kwenda kwa Prototype Guy. Waumbaji waliamua kutoingiliana na mvulana, wanakuomba umsaidie kukabiliana, kushinda vikwazo. Ni muhimu kuruka juu ya spikes mkali na robots za mraba. Kwa njia, roboti zinaweza kuharibiwa kwa kuruka moja kwa moja juu yao. Ikiwa kikwazo hakitashindwa, shujaa ataanza tena kwenye Prototype Guy.
