Matunda katika Fruit Ninja hayakusudiwi kuliwa kama saladi au kwa kujifurahisha tu. Kundi la matunda lilikusanywa na shujaa wa mchezo wa ninja, ili asipoteze ujuzi wake na upanga wa katana. Shujaa anafanya kazi kama mpishi katika cafe, miaka michache iliyopita aliacha nchi yake ya asili si kwa hiari yake mwenyewe, lakini kujificha kutoka kwa mafia wa ndani. Lakini mikono ya mafiosi ni ndefu na wanaweza kumpata wakati wowote, ambayo inamaanisha unahitaji kuwa tayari na mafunzo yanahitajika. Na kwa kuwa hakuna vifaa maalum vya michezo karibu, italazimika kutumia matunda. Msaidizi atatupa tikiti maji, ndizi, tufaha, kiwi na matunda mengine, na utazikata kwa Fruit Ninja.
