Ninja aliamua kunyoosha miguu yake na kukimbia kuzunguka jiji kukusanya sarafu. Katika mchezo wa Ninja Runner utakutana na shujaa na kumsaidia kupanga parkour ya jiji. Hakuna urefu usioweza kushindwa kwa shujaa, unaweza kubofya mtu huyo mara kadhaa na ataruka kwenye kilele chochote: jukwaa, mnara na kilele kingine. Baada ya kukimbia kupitia kiwango, unaweza kwenda kwa mwingine, lakini kuwa mwangalifu, kwenye viwango vipya kutakuwa na vizuizi vya ziada kwa namna ya miiba mikali ambayo hauitaji kuruka ili usipoteze mioyo ya maisha. Kuna vizuizi vikali zaidi na zaidi, ambayo inamaanisha itabidi uwe haraka sana na mwepesi kuokoa ninja kutokana na kupoteza maisha katika Ninja Runner.
