Vita vya ninja walirudi kutoka kwenye kazi yao ya pili na waligundua kuwa mwalimu wao Splinter alikuwa amepotea. Katika Manhattan hivi karibuni hakuwa na wasiwasi, kulikuwa na mutants wengi na mtu nyuma yao. Timu ya turtles tayari imesababisha mipango kadhaa ya uhalifu na adui asiyeonekana aliamua kulipiza kisasi kwa ukamataji wao. Leonardo ni mkuu wa mapambano ya katan, kiongozi wa timu ya Raphael hufanya kazi kwa ustadi Sayes, Donethello anatumia wafanyakazi maalum, na Michelangelo anataka nunchaku. Watasaidiwa na Aprili, yeye mwenye ujuzi anamiliki kijani cha kijani cha uchawi.
